如沁已经不打算计较兰生到底喜欢谁，为他缝制了一件大红喜袍，只求他能与心爱的人白头到老。琴川突然爆发瘟疫，少恭从青玉坛回到琴川，到处分发治疗瘟疫的丹药，百姓们对他赞不绝口。寂桐却觉得事有蹊跷，偷偷检查药箱，发现竟然全是焦冥。寂桐告诉如沁真相，如沁一开始不敢相信，从烛龙之鳞中看到少恭炼制毒药的回忆后不得不信。寂桐让如沁带着烛龙之鳞离开，去找屠苏和兰生求助，如沁却不顾寂桐劝阻，执意要阻止少恭，被少恭以法术软禁在了房间里。如沁把想对兰生说的话寄存在烛龙之鳞中，让百晓生茶小乖带着龙鳞逃走。少恭发现如沁的背叛，十分愤怒，如沁又在惊恐中用剪刀刺了少恭，虽然少恭不会受伤，却火上浇油，一怒之下喂如沁吃下了焦冥。千觞对少恭的所作所为大为震惊，提剑来攻击他，不料千觞早就被少恭下了蛊毒，只要少恭一念，他就浑身无力，根本无法战斗。屠苏、晴雪、兰生赶回琴川，在山路上遇到匆忙逃命的月言和一群妖化的青玉坛弟子。
屠苏消灭众妖化弟子，黑曜突然出现，丧失神智攻击晴雪。他用最后一丝清醒说出欧阳少恭给百姓下毒的事，便气绝身亡。琴川城内，寂桐偷偷放走了千觞，千觞也回想起自己正是幽都巫咸风广陌，当初奉女娲之名去乌蒙灵谷协助韩休宁加固焚寂封印，不料封印尚未完成便遭鬼面人屠村，风广陌也在爆炸中失去记忆。屠苏等人回到琴川，街上的百姓已经全部变成焦冥，兰生看到二姐也在阳光下化为萤火，失声痛哭。少恭出现在众人面前，对杀死琴川百姓之事毫无愧疚，认为这是让他们得到了永生，众人都觉得他疯了。千觞再度出现，刺杀少恭，众人也与少恭大打出手。混战中少恭衣服被划破，露出手臂上的焚寂伤痕，屠苏认出少恭就是当日杀害肈临的鬼面人，更是屠杀乌蒙灵谷的幕后黑手。少恭到了这一步也不需要再隐瞒，便说出自己混入天墉城，就是为了焚寂。屠苏解开多年疑惑，催动煞气欲杀少恭，少恭逃离，让他们到蓬莱相会。
少恭得到完整玉横，力量十分强大，屠苏与晴雪前往幽都向女娲娘娘请教破敌之法。女娲道出太子长琴的往事，原来除了屠苏是焚寂剑里的一半长琴仙灵之外，少恭正是长琴的另一半仙灵，在人间夺舍渡魂千年，已经濒临极限，两人若不融合，少恭便要灰飞烟灭。屠苏身上的仙灵与煞气被封印住了，少恭无法直接夺取，所以只能设下圈套，暗中陷害屠苏。若要阻止少恭，屠苏必须解开封印，获得长琴仙灵的力量，才能与少恭势均力敌。但正如悭臾所说，如果解开封印，等待屠苏的唯一结局便是魂飞魄散，再无轮回。屠苏心中已有决定，与晴雪互相鼓励之后，晴雪送他进入忘川，去见韩休宁的魂魄最后一面。韩休宁在忘川中看不见旁人，却嘱咐屠苏这个外来人去见一个叫韩云溪的男孩，说自己身为母亲对不起他。少恭突然出现在忘川，嘲讽屠苏是偷了自己的仙灵苟延残喘的尸体，威胁他如果让天墉城的人一起前往蓬莱助阵，就在江南散布更大的瘟疫。之后少恭前往东海，将蓬莱岛强行拉出雷云之海，导致海啸泛滥，沿海城镇死伤无数。
尹千觞带兰生襄铃等人来到海边，共同抵御少恭引发的海啸，疏散百姓。屠苏回到天墉城，恳求紫胤撤去身上的封印。紫胤不忍他就此丧命，屠苏却道，心之所向，无惧无悔，只求换得万千生灵一夕太平。紫胤终于解开了封印，但在屠苏下山前要与他比试剑术，作为最后的出师考验。屠苏在战斗中领悟到师尊是在借机传授他最后的绝招——空明幻虚剑，学会此招后两人胜负未分，屠苏却趁交手之机，将紫胤真人旧伤里积累多年的煞气吸收到自己体内，以报答师尊的教养之恩。海啸越来越猛烈，兰生等人渐渐感到吃力，陵越和芙蕖也带着天墉弟子前来帮忙。陵越路遇已经沦落成乞丐的陵端，陵端终于知道了杀害肈临的是欧阳少恭，后悔自己错怪了屠苏。屠苏和晴雪来到海边与众人相会，共同商量对抗少恭的方法。
兰生在如沁死后迅速地长大了，明白自己需要扛起家族产业，不能再任性妄为。人妖殊途，他终于告别了襄铃，决定这一战结束后回去娶月言。陵越隐隐感到屠苏已经解开了封印，知道他此行有去无回，却仍抱着最后的希望，告诉他自己会在三年后继任掌教，到时候要屠苏担任执剑长老。屠苏与所有朋友逐一告别，答应所有人他一定会回来，有的人已经知道他是去赴死，有的人并不知情，但所有人都微笑祝福。最终屠苏、晴雪、兰生、襄铃、千觞一起登上了沦波舟，飞往蓬莱。少恭催动蛊毒控制千觞挟持晴雪，屠苏、兰生、襄铃则在路上遇到了各种拦路的妖魔。
屠苏等人击败化作琴川百姓的幻妖，进入蓬莱遗址。兰生催动烛龙之鳞，看到了少恭与巽芳的过去，深感真正的巽芳温柔贤淑，与素锦假扮的大不相同。这时，真正的巽芳忽然现身，并说出自己就是寂桐的事实，原来当日，少恭是为了与巽芳共同长生，才离开蓬莱，寻找能让自己活下去的方法。可是蓬莱在他离开后毁于一场大灾，巽芳也为了守护蓬莱，重伤毁容，消耗掉了自己的寿命，乌发尽白，变成垂垂老者。老去的巽芳渡海来到中原，意外在海边救下遭遇海难的少恭，从此，她带上面具，化名寂桐守护在少恭身边。巽芳以蓬莱法术帮众人解开路上的机关，众人得以直接进入蓬莱大殿，与少恭对峙。少恭本想以晴雪性命要挟屠苏自刎当场，不料千觞突然摆脱了蛊毒控制向他发动攻击。少恭从大殿中飞出，千觞与屠苏紧追不舍，襄铃和兰生趁机放出了晴雪，五个人一起围攻少恭。