清瓜州水营统领是满州正红旗都统多弼，其父武尔吉乃是正红旗第二佐领的首任牛录章京，明崇祯朝大将赵率教便是其在遵化时一箭射杀的。
江上炮声响起后，多弼就知道明军定是在攻打北新洲炮台。北新洲上虽有四千守军，但多弼不知道明军来了多少人马，万一北新洲炮台丢失，那么瓜州水营就暴露在明军炮火射程之下，弄得不好，瓜洲水营一条船也别想出港。局面真成那样，多弼不敢想象皇帝会如何处置自己，为此立即点了汉军和绿营，督促水营马上出港增援北新洲，无论如何也不能让明军占了这江上要点。
发现清军水营出港后，张煌言立即号令水师上下调头迎上，双方就在距离北新洲北侧江面不到两里处展开了激战。
北新州上，登岛的太平军第一镇两个旅在副将朱庆来的指挥下奋勇冲杀，数十人手持巨木，喊着号子冲开了炮台左侧的清军营地大门。太平军一拥而上，北新州的清军副将杨广孝率亲兵负隅顽抗，岛上的泥泞地上到处都是厮杀的人群。战至最后，杨广孝见援军突破不了明军水师，便弃军而走，藏匿在岛上一隐秘处，后被搜岛明军发现，押至北固山上向大帅报捷。
见到传说中的贼秀才后，杨广孝竟是“扑通”跪地请降，周士相却将手一挥，命亲卫将此人掷于山下摔死。随后颁令，此后清军不战而降者，用之；战而不敌而降者，概不纳。
张煌言指挥水师牢牢阻住多弼部，明军水师虽水手强于清军，但清军船只却多，双方打成了平手，死伤都很惨重。后多弼发现岛上清军已溃，明军已经使用岛上火炮轰击他的船队后，不得已只得下令后撤。
水师此仗，明军损失海船3艘，民船41艘，士兵1256人；清军损失大小战船57艘，士兵1640余人。北新岛上登陆的太平军第一镇阵亡780余人，清军伤亡1000余，余者尽降。
原计划夺取北新洲后，明军将继续攻击北岸的瓜州水营，以彻底拔除这颗毒瘤，使江北清军无法过江。但因水师损失过大，将士疲劳，张煌言便令撤军。北新州由第一镇两旅和郑军一部，计5800兵合守，副将朱庆来亲自坐镇。
......
就在北新洲岛上和附近江面上明清双方厮杀之时，余新和魏大龙带着700多士兵乘30多条船只冲向了清军的木浮营。木浮营是捆绑巨木而成的浮坝，坝面以土填平，可容纳士兵五百人，火炮四十门，四角为尖顶，船只遇之立碎，满洲人称之为“木城”。
魏大龙先带人潜入水中，悄悄观察了木浮营的结构后回到船上。
余新不待魏大龙喘口气，就急切的问他：“如何？魏兄弟！”
“是绳索，比滚江龙的铁链容易多了！”
魏大龙呼了口气，搓了搓冰冻的双手。双手通红，脸上更是通红，却不是因为冻的，而是因为兴奋。
“那就干他们！”
余新亲领四艘沙船，对着木浮营直冲，清兵发现，立即开炮，四条船随即后退到射程之外，然后掉转船头，复又向前冲，清军再开炮，有一条船中炮，剩下三条船退回，掉转头再冲，清军不再上当，双方于是对峙。
午时，下游方向听不到炮响，余新估计张尚书和甘辉已完成任务，便命令所有船只一齐向前。清军见状，再次开炮，余新下令还击，几十条船火力全开，声势也很惊人。
“砰！砰！”数声，木浮营被击中，木片土石齐飞，清军却无惧意，这木城构造坚固，就是再轰上一天都无事。不想，一幕让清兵骇破胆的事情发生了，原本厚实无比的木城结构竟然开始解体，不断的随江水飘流。
“城散了，快逃！”
木浮营上的清兵赶紧放下小船向北岸撤去。原来余新引诱清军耗费炮弹的同时，魏大龙等人潜水割断了清军木浮营绳索。再用炮那么一轰，这木浮营自然解体。木城一旦解体，上面的清军再多，火炮再猛，也是无济于事的。
余新和魏大龙顺利完成摧毁清军木浮营的任务，但是付出的代价也不算小，30多条船只剩13艘，700多兵丁也只剩下400多人。
清军水师退入瓜州水营后，船上、岸上的炮台胡乱向着江面炮击。听着声势很大，然而全是无用功，浪费炮子而矣。
周士相于镇江城赏赐有功将士，大赞甘辉、余新、郭法广、魏大龙等将。
甘辉谦虚道：“国公过奖！这一仗之所以得胜，全是因为国公信重，放手大用我等而矣。”
余新和郭法广、魏大龙等将却是兴奋，甚至有轻视鞑子之意。见状，坐在周士相身侧的张煌言微微摇头，板脸对他们道：“胜不骄，败不馁。你们忘了南京城下的教训吗？忘了在上游逃窜的日子吗？”
听了尚书大人这话，余新顿时惭愧，郭法广、魏大龙亦是羞愧。
周士相起身轻笑，示意尚书大人不必如此，打了胜仗，理当高兴。
张煌言缓了缓脸色，道：“此役鞑子瓜州水营虽有损失，但建制尚在，一日不将其拔掉，总是钉子。国公还要做作谋断才好。”
周士相点头道：“控住北新州，鞑子水营就出不来。目的已经达到，能全歼固然是好，但若拼得损失惨重，也得不偿失。我已令湖广援剿军团乘长江水师赶来，待大军到齐，先拔了鞑子水营，再和福临小儿决战。”说完，又向张煌言鞠了一躬，“到时，还要劳尚书大人费心费力。”
张煌言忙避了这一礼，道：“煌言一介书生耳，国公率全军倡义复明，复我南都，于大明有大功，更于我浙军上下恩重如山，杀鞑之事，我自起兵之时便引为己任，国公不说，我亦不会推辞！”
周士相要葛义带甘辉等人去吃酒席，与张煌言坐下谈起郑军将士一事。太平军破南京后共解救出了五千多郑军士卒，另有一万多家眷，能够找回的女眷都找回，找不回的多数便是死了。家眷现在都安置在南京，五千多郑军将士有两千也安置在南京，余下都编在江南水师当中。可以说，江南水师的主力是由郑军士卒构成，占了一半，余下一半是浙军，另一半则是太平军。
周士相开诚布公的和张煌言说了自己的意思，他想将郑军将士留在太平军中，这个余新也有此意，甘辉对去留都无意见，只是需要延平王的认可。所以周士相想请张煌言休书一封去金厦，说服延平郡王能够同意甘辉、余新等郑军将士留在江南。
至于浙军方面，张煌言早就和周士相谈过，浙军只剩两千多人，家眷又多，不擅陆战，没有地盘，根本难以独自发展。正如当年定西侯张名振死后，张煌言率部寄托延平藩下一样，尚书大人这一会也是主动提出和太平军合兵。周士相对此求之不得，自是满口答应下来，也正因为张煌言主动提出合兵，才有江南水师设立。此因果关系。
张煌言有些迟疑，按他对延平王的了解，恐怕不会让甘辉和余新留在太平军中，但他还是答应休书，尽力相劝延平。
“也不知延平这会到底什么打算，是应国公相请来长江会师，共奉唐王呢，还是攻打达素，收复福健？”
张煌言暗自叹息一声，因为他觉得延平多半不肯奉唐王。