在京都的恶斗中，八大贵族要么被圣光大帝收编，要么被彻底消灭，彻底退出了历史舞台。由八大贵族所保管的八分诸神之力，也分别被苏维尔、洛伦和圣光大帝夺取。苏维尔因此得以跃至史诗级。
洛伦右手处的“邪眼”是一项极其罕见的变异。她被铁石联盟的大魔导师看上，传以衣钵，加上其继承的诸神之力，实力也获得了极大的膨胀。在京都的最后一战，苏维尔等人面对夕烧一行人的攻击时，洛伦质问苏维尔夺取诸神之力的意图为何。苏维尔被洛伦点醒，决心成为“新秩序的维护者”。
然而由于洛伦已经对苏维尔产生了莫名的情愫，为了割舍这份“不必要的感情”，洛伦选择使用了大魔导师的禁术“大裂解术”来割裂自己。其中高傲、冷漠、毫无感情的那一部分继承了洛伦的大部分神力，被圣光大帝封为“女王”，用以平衡八大贵族之后的权力真空。而她对苏维尔的感情则被新的“洛伦”继承了下来。
恶斗结束后，苏维尔意识到圣光大帝和夕烧、香肉、新骨等人同属一个阵营。他们似乎密谋着什么。然而就在这时，安娜却留下了一封信，神秘失踪。
原来安娜隶属于一个神秘组织，由于在夺取诸神之力的过程中她偏帮苏维尔，造成组织头目的不满，被捉拿回去问罪。苏维尔决心追随着安娜留下的蛛丝马迹，前去营救。胡德、洛伦等人也表示将鼎力相助。
随着营救行动的深入，苏维尔渐渐发现了这个组织的不凡之处。原来他们继承了古代奥术帝国的遗产，制造了一座巨大的“天空城”。组织的头目打算用远古法阵献祭掉整个铁石联盟，意图把整座天空城升上天幕之外，去追寻“失落在天幕之外的远古死神之力”、组织头目声称，这将是唯一能消灭不死天灾的方法。
被卷入到这一巨大阴谋的同时，苏维尔又发现了一个惊人的秘密。原来铁石联盟的大魔导师竟然和组织的头目是一个人。无奈之下，大魔导师只好承认，组织头目正是他的“另一半”，是他用大裂解术分离出来的产物，继承了他所有的野心与疯狂。
得到大魔导师帮助的苏维尔，彻底掌握了寄存在自己身上的异种神力。最终一战，苏维尔、安娜、胡德、洛伦等人联手大魔导师，以大魔导师身陨的代价击杀了组织头目，把已经飞到一半的天空城落回了地面。
然而，这也是苏维尔距离天幕最近的一次。他隐隐感受到，天幕外的那股“遗失的死神之力”，竟然和天灾给他的感觉极其相似。
平息天空城之乱后，京城的埃里克传来了不好的消息。圣光大帝消灭八大贵族后，扶持女王为傀儡，平定光荣帝国；又开始向外侵略铁石联盟和东方联盟。而铁石联盟失去了大魔导师、东方联盟的东方帝姬死于不明暗杀，两国毫无抵抗之力。而埃里克自己，由于不满圣光大帝的侵略行为，也被大帝软禁。苏维尔赶回帝都，安娜和洛伦等人前往东方联盟，调查东方帝姬的死因。
回到帝都的苏威尔，由于已经是半神之身，彻底脱离了天灾对他的控制，不再遮遮掩掩。帝都已经彻底被大帝掌控，到处是一副大战在即的模样。埃里克告诉苏威尔，这是因为圣光大帝将要展开对燃烧军势的总攻。忧心于大帝与夕烧等人勾结之事，苏威尔决定前往帝都内部搜寻消息。
借助着诸神之力，苏威尔混进了帝都内部。发生了几项意外之后，他不得不和冬将军等一众史诗级强者大战了一场，也因此确信了圣光大帝与这些人的确是有勾结。埃里克也得以手刃曾经杀了博士、毁了他童年城堡的几个罪魁祸首。
另一方面，在东方联盟进行调查的安娜等人发现，东方帝姬死于某种不死邪力。这种不死邪力有别于天灾，似乎是“一个新的、还不成熟的天灾”。期间，他们也获得了忍者联盟叛忍杂贺晴的帮助，并且得知，忍者联盟头目月见里长川为暗杀东方帝姬提供了帮助。
大战之后，埃里克等人沦落为逃犯。然而就在这时，苏维尔突然发现自己的召唤物小骷髅消失不见。他追随着灵魂链接寻找小骷髅，却来到了圣光教会的总堂。在那里，一个巨大的法阵已经被现任教皇设置好，小骷髅正躺在法阵的中心处。
原来，苏维尔的小骷髅并非一般的召唤物，而是曾经被某任圣光大帝斩杀的圣光天使。这是一项历史的秘辛，由于圣光生物与人类的分歧，造成了这场历史上除名的战斗。那任圣光大帝“以低维斩高维”，将圣光天使斩落凡间。从此以后，圣光生物不再维护这片世界的人类。
然而那位圣光天使灵魂不灭，飘荡在异界，却机缘巧合地被苏维尔召唤了出来。教皇意图将小骷髅重新送回高维世界，用以换取和圣光生物交流的可能。他成功地得到了圣光生物的垂青，获得了巨大能量的他，竟然转而杀向了帝都内部。
原来教皇早就对大帝的野心忧心忡忡，他谋划这一切，都是为了获得足够的力量，击杀圣光大帝。
小骷髅升天以前，和苏维尔做了最后的交流。她说，她之所以会被苏维尔召唤，绝非简单的巧合，而是因为苏维尔的灵魂中有着令人难以置信的秘密。她指着自己身上的伤口，将“低维斩杀高维”的那一剑还原给了苏维尔，并且笑着说，也许苏维尔有一天能用得上。
大战中，教皇惊恐的发现，圣光大帝方的神级强者原来不止大帝一人，而是有足足三个。另外二人，一个是曾经黑袍狂潮的罪魁祸首、最接近天灾的“伪天灾”，腥月，也就是暗杀了东方帝姬之人。另一个，则是一位不知名的少女。三对一，教皇很快落入了下风。他疯狂地祈求圣光生物给予更多的力量，然而小骷髅飞升后，高维通道在迅速地闭合。教皇狠心地启动了“生命之树”计划，把整个帝都的圣光教会牧师点燃成了火炬，借助这一力量，他企图穿梭高维通道、去往圣光位面。
然而，由于腥月等人的攻击，高维通道被击穿。教皇、腥月和被卷入其中的苏维尔，因之穿越到了另一个世界。
那是一处完全荒凉的世界，没有任何一个活着的生物存在。根据系统中“梦境与预言之神”索伊的帮助，苏维尔得知，这里是曾经被不死天灾占据过的地方。没有在这处荒凉的世界徘徊太久，他很快地便找到了腥月的踪影。
然而，跟随着腥月的不仅是苏维尔和教皇，更有冬将军等一行人。原来他们和腥月一体两面，平时都可以躲在腥月背后的“巨大灵魂旋涡里面”。随着和这些人的作战，苏维尔了解到，腥月捕获了那位教皇，并且从他的身上得到了回去原来世界的坐标。
苏维尔一路杀到了腥月的面前。腥月此刻却平静地和苏维尔谈起了关于这个世界的故事。原来，这里是不死天灾侵略的第一个世界，是他的“故乡”。腥月告诉苏威尔，不死天灾并非无缘无故地诞生在这个宇宙中，他是从某个世界的“死亡秩序”里面分裂出来的，是一种错误的产物，一种宇宙的病毒。
苏维尔质问他，是否知道不死天灾的来源，腥月苦笑着说道，“那是我们主人的造物。”
腥月接着说，他、圣光大帝、不死天灾，都是那位“主人”的造物，而不死天灾是最恐怖、也是唯一失控的一个。他则是不死天灾的“仿制品”。腥月告诉苏威尔，他渴望自由，欣赏人类的音乐与艺术。然而在他们原来的世界，他受制于自己的主人，无法获得真正的自由。
腥月跟苏维尔说，他不想回到曾经的世界里去了。他打算留在这里，和仅剩的几个伙伴一起，尝试着重塑这个世界，重新创造生命。他对苏维尔说，我隐隐有种预感，也许只有你可以击败我的主人。
被腥月送回到原来世界的苏维尔得知，圣光大帝与燃烧军势的最终之战已经打响了。他连忙赶往战场，途中得知，圣光大帝穷兵黩武、却疏于管理，天下近乎大乱。被判为逃犯的埃里克和杂贺晴等人组织了一只秘密的叛军，接应了苏维尔的行为。
众人赶往战场，正看到最终一战，圣光大帝以一敌五，击退了燃烧军势，将这一宇宙邪力打退。苏维尔等人围上前去，想要质询那位“主人”到底是谁，他们究竟有何阴谋，却被圣光大帝苦笑着拒绝了。圣光大帝展现了最后的豪情，以一敌众，把苏维尔等人击退。在这一过程中，埃里克惊讶地发现，圣光大帝的身体竟然和自己有着相似的地方。
原来，博士曾经为那位“主人”效力，试图创造出一具完美的、可以打破限制器的肉体。圣光大帝就是他的成功造物。然而狡兔死走狗烹，博士趁乱逃出了那片实验基地。担心被追杀的他，秘密地试图再造一具“完美肉体”，然而却一直没有成功。埃里克就是其失败的产物。
惨胜的圣光大帝最终还是没有回答苏维尔等人的问题。他一个人默默地来到了一处山坡，向着一位青年俯身跪下。原来“他”就是圣光大帝和腥月的主人。他的身边站着一位侍女，正是曾经一起围攻教皇的三大神级中的一个。
圣光大帝苦笑着说道，燃烧军势被击退，不死天灾也将重新被您回收，这个世界想必将会安全了。唯独希望您能够善待我的妻子。“他”答应了，伸出手来抹杀掉了圣光大帝的残魂，占据了他的躯体。
就在这时，苏维尔等人追随着圣光大帝的踪迹姗姗来迟。在“他”的手掌中，苏维尔骤然看见了腥月的残魂。“他”笑着说，没有人可以逃脱出他的掌控。苏维尔质问他是谁，“他”却没有回答。
两人消失在了原地。根据“系统”里的索伊给出的线索，苏维尔和安娜告别了众人，前往死者的国度，追寻“他”的踪迹。终于，在不死天灾的神殿里，众人相遇了。
原来，“他”就是曾经的远古死神耶格，是这方世界关于“死亡与终结”的法则的具现化表现。尽管生来就拥有着无边的神力，然而他也同样被这片世界的法则所束缚，无法获得真正的自由。就在这时，受到燃烧军势邪力的启发，耶格将自己割裂成了两部分。其中的一部分被世界法则束缚在原地，而另一部分却被他丢出了这个世界。带着死亡法则的碎片，那一部分迅速壮大，成为了新的宇宙邪力——不死天灾。
病毒一样的天灾终于有朝一日杀回了这个世界。然而，耶格却也已经失去了对天灾的控制。天灾破坏掉了整个世界的法则，耶格也因此得以自由。他隐姓埋名，潜藏了自己的身影，谋划着击杀天灾、回收死亡之力的阴谋。
他依靠着远古的知识，制造出了完美的肉体“圣光大帝”，又推动了黑袍狂潮，制造出了弱化版的“天灾”——腥月。靠着这两部分，以及他自身的庞大神力，耶格终于杀回到了天灾的面前。
万年的谋划即将接近成功，耶格切断了天灾与其他世界的联系、几乎要将天灾的核心彻底同化。然而就在这时，索伊突然冒了出来。原来，索伊和耶格身边的那位侍女，曾经同样是耶格的属神。然而发现了耶格阴谋的索伊却不愿忠于耶格，最终被耶格击杀。然而，曾经的时光与秩序之神将索伊救了回来，并且将她安置在“系统”中，对她说，如果这个世界即将毁灭，你们就是最后的希望。
原来，曾经远古死神的好友，四大秩序之一的时光与秩序之神早就发现了耶格由于分裂出天灾而导致的衰弱。他害怕耶格的阴谋，却又不愿怀疑这位曾经的好友。于是他将自己的一部分，连同神力的种子——“系统”，和寄居在其中的索伊一起送往了异世界，以期自己或许有一日无法阻拦自己的这位好友时，这颗种子能够回到这个世界，拯救这里。
将天灾核心同化的耶格实力急速膨胀。他的最后一步，自然是彻底击碎掉这个束缚了他几百万年的宇宙，获得终极的自由。然而就在这时，苏维尔身上的神力种子终于孵化。时光之力作为这世界最高的法则，逆转了一切，将时间长河回流。
苏维尔和安娜在时间的长河中穿梭，他们观看了数个足以击垮世界的伤痕，分别来自于死亡秩序的崩解、四大古神的死亡、燃烧军势的入侵等等。就在他们逆流而上，想要回到过去、逆转未来的时候，却突然发现了一处逐渐扩大的伤痕。原来那是同为三大宇宙邪力之一的祸乱邪力。在时光的因果上，祸乱邪力竟然没有得到抑制，如果让它继续在时间长河上蔓延下去，这个世界将最终被拖入祸乱的深渊。
到了这里，安娜突然明白了什么。原来她就是那位神秘的“祸乱先知”，与祸乱作战了上万年的神级强者。安娜吻了苏维尔，笑着对他说，等他在一万年之后再来接自己。说着便跨入了祸乱的缝隙里面。
苏维尔逆流而上，来到了时光与秩序之神设置好的时间点。那是耶格刚刚将自己分裂、力量最为虚弱的时候。看到了来自未来的苏维尔，耶格瞬间明白了一切。二人大战了一场，最终苏维尔斩杀了耶格，将那一部分死亡秩序继承到了自己的身上。
时光回溯，来到了未来。由于时间的悖论，失去了死亡神力的耶格被时光长河冲刷抹杀，咆哮着的天灾也终于平息。苏维尔继承了死亡与时光两大神力，撑起了整个世界的大半秩序，成为了新时代的万神之王。
在分封神位、重建秩序之后，苏维尔来到了祸乱的缝隙。他走进了祸乱里面，在那里，他的爱人已经与祸乱战斗了整整一万年。安娜几乎快要忘记了苏维尔，然而两人的刻骨铭心的爱终于战胜了无尽的时光。二人走出祸乱，苏维尔将那个被安娜控制到极小的祸乱的裂痕弥补，从此这方世界彻底脱离了三大宇宙邪力的威胁，一切归于秩序与和平。