见到野战无法战胜对手，潘兴元帅只能一面向上级汇报，要求壮大空军，夺回制空权，一面将部队再次打散，分散到每一个城市中，准备以巷战来抵消对方制空权的优势。同时他还将新装备部队的三百六十毫米重炮与三百毫米十八联装火箭炮隐蔽到了城市中，希望以此来重创中华军的部队。
部队的分散将鼠疫病菌带到了各个城市，但波士顿人却完全没有察觉。中华军驻守在占据的城市中不出来，每天至少依靠空军对各个城市中的波士顿人进行袭扰，而他们的轰炸也非常讲究，他们避开了所有工厂区，只对居民区进行轰炸，因此大量波士顿人被空袭杀死。
除此以外，中华空军还攻击进入芝加哥工业区的后勤运输车队，以这种方式消耗着波士顿人的后勤补给。这种纯粹空中的作战方式，让想要利用巷战磨死中华军的潘兴元帅大感意外，他们怎么也想不出，粟志珍为什么如此沉稳，好像对进攻根本不着急一般。
当不少来自中华帝国或者是圣马丁帝国的工人和工程师被飞机运送过来，进入了被中华军占据十几个城市之后，潘兴元帅这才知道中华军是想就近解决补给问题了。这种情况让潘兴元帅大感头疼，本来波士顿帝国拥有内线作战的优势，打得就是后勤保障的便利，而现在对方居然要在波士顿帝国的土地上生产武器弹药，这样他们的武器供应也将相当顺畅，这如何不让潘兴着急。
中华帝国这是在以战养战，他们将利用波士顿帝国的工业设施与矿产资源，生产出足够的武器弹药，反过来进攻波士顿帝国，这样的情况必将会产生灾难性的后果。一旦对方慢慢蚕食了整个芝加哥地区，波士顿帝国在本土的武器供应甚至还赶不上中华军。
到了现在这个时候，如果波士顿帝国全力对敌，还有可能保住半壁江山，如果依然是将生产的武器分成两份，多的一份还要支援西大陆，那么波士顿帝国的国土必将全部沦陷。
就在潘兴盘算着如何能够破坏对方恢复生产计划的时候，一个不好的情况突然出现了。那些曾经跟着他出击的士兵中，不少人突然出现了发烧的状况。开始的时候发烧的人并不多，但是这种病似乎传播的很快，不少照顾同伴的士兵也陆续开始发烧，甚至去城中采买食物的士兵还将病毒传给了市民，很快在民众中间这种病也开始陆续出现了。
发烧伴随着食欲减退和淋巴肿大等症状，在军队和民众中间蔓延开来，病倒的人越来越多，短短的十几天时间，兵营里就有超过一成的人发起了高烧，而且情况还在快速蔓延，很快就连高级军官中也有人得了病。
军营中的军医都是外科高手，如果让他们医治枪伤做手术，都是非常拿手的，而如果让他们治疗传染病就无能为力了，为此潘兴不得不想城市中征集民间的内科医生。
按照中华帝国的分类方法，波士顿帝国的医生都属于华医体系，而这些华医最大的特点就是需要依靠中华帝国出现的抗生素类药品，一旦没有这些药品，他们的能力也有限，在这方面比之中医就要差远了。
中医在中华帝国属于保密的医学领域，所有学习中医的人都必须是华族人才可以，而那些白人别说不让他们学，就算让他们学习，由于文化背景的差异太大，对于这种高深的医学，他们也很难学得精华。
此时民间的医生也相当缺乏，因为由于民众的人口密度更大，体质比军人差了许多，在民间疾病的流行更快。现在波士顿帝国缺少药物，许多医生也只能给病人采取放血和冷水降温等物理疗法，算是尽人事听天命了。
现在的潘兴元帅哪儿有时间去管民众的死活，城内的不少医生很快被征集起来，到军营中给士兵们看病，但结果让他非常失望，这些医生表示没有抗生素药物，他们对这种病无能为力。潘兴元帅失望之余，还是召见了当地的第一名医阿兰德。
“我现在想要问问你，这到底是什么病？”潘兴元帅焦急的问道。
阿兰德在屋子里来回踱了两圈道：“从病人的状况来看，这应该是鼠疫。”
“鼠疫？那是什么病？”对病理是个门外汉的潘兴没有听懂病的名字。
阿兰德叹了口气道：“按照民间的说法，就是黑死病。”
“什么？黑死病？”潘兴元帅惊得站了起来，对于这种可怕的疾病，他是有了解的，知道现在西大陆的许多恐怖传说都与黑死病有关。
阿兰德点点头道：“如果我们有足够的抗生素类药物，或许还能够控制疫情，但现在中华帝国早已断掉了我国的药品供应，我们根本就没有办法进行治疗。”
潘兴元帅皱着眉头坐回椅子上道：“为什么会有这种疾病，难道是中华军的什么阴谋？”
阿兰德摇摇头道：“这个我也不确定，不过大战之中不少尸体来不及掩埋，任他们在空气中腐烂就很容易产生病毒，而病毒可以通过空气散播，瘟疫就很容易形成了，尤其是鼠疫，它们是可以通过吃死人肉的野鼠进行传播的。中华帝国的军队那里虽然也有可能出现疫情，但他们有着充足的抗生素储备，根本不是我们能够比拟的。”对于真正的医学知识，波士顿人也都是一知半解，因为中华帝国的限制，波士顿国内很少有真正在中华帝国学过医学的人，所以他们的能力相当有限。
潘兴叹气道：“难道就没有什么补救的方法吗？我们不能控制这种瘟疫的蔓延？”
阿兰德沉思了片刻，突然沉声道：“有，但是相当残忍，所要付出的代价也相当大。”
潘兴的眼中凶光一闪道：“顾不得那么多了，只要能够控制瘟疫，就是再大的代价也必须承受。”
数天之后，一场全城大搜捕就开始了，所有开始发烧的人都被集中到了南城的贫民窟一带，那里已经被完全清空了，城区四周拉起了五道铁丝网，地面撒上了生石灰，里面只进不出，进行严格的封锁。
患病的人都被送了进去，就连那些士兵和军官们也不例外，而送进去的人就再也没有能够活着出来。为了防止交叉感染，能够让自己多活些日子，那些病的较轻的人很快将死尸堆叠起来，进行焚烧消毒。很快城南的黑烟开始接连不断的冒了起来，烧焦的尸臭味全城都能够闻到。但是很快那些病症较轻的人不再满足于焚烧尸体，他们将那些重病无法移动的人也扔进了火堆。
在阵阵惨叫之中，城里的尸臭味更浓了，但病人在持续减少，城南可以腾出更多的地方容纳新的病人。那些烧死重症病人的人，也很快再也爬不动了，他们又被后来的轻患者焚烧而死。尽管这种方法相当残忍，但瘟疫真的被有效的控制住了，城内患病的人开始减少，人们的情绪也慢慢恢复过来。
见到隔离的方法有用，潘兴元帅立刻通知其他出现疫情的城市，也是用隔离的方法消灭疫情。达文波特的隔离持续了一个星期才见到效果，而见到效果的潘兴元帅再通知其他城市已经晚了。
许多城市尽管也极力为病患治疗，却因为方法不当，没有取得多大效果。很快先发病的人陆续出现了死亡，当全身紫黑的尸体出现在人们面前的时候，有些见识的人立刻认出了这就是让西大陆人闻风色变的黑死病。
当黑死病流行的传闻在坊间流传之后，所有的人都慌了，黑死病被称为绝症在此时的波士顿帝国是根本无法医治的，这种非常容易被传染的疾病，一旦被传染就很难治愈。
面对如此恐怖的疾病，不少人选择了逃离疫区，一些没有生病的民众开始携家带口的逃亡它地，等到当地驻军接到潘兴元帅的通知，开始设置隔离疫区的时候为时已晚，不少人已经逃走了，而他们会将这种可怕的疾病带往全国各地。
一场波及整个芝加哥工业区的鼠疫，毁掉了潘兴元帅的防御计划。在这次大鼠疫之中，部队减员超过三成，其中许多是优秀的基层指挥官，而民众在隔离与逃散之后已经所剩无几，城市中物资匮乏，就连食物和饮用水都相当紧张，面临如此境地，潘兴元帅不得不考虑改变战略了。
一个星期之后，潘兴元帅命令波士顿部队撤出工业区，他们将撤往后方的密歇根湖区，在那里继续隔离，直到没有鼠疫的发生再进行下一步行动，而在那里他们也可以就近补充淡水，并用湖里的鱼类改善伙食。
潘兴元帅除了想要战略撤退，以保存实力之外，还想利用城市中的鼠疫瘫痪中华军，让他们也染上这可怕的疾病，来化解对方的攻势，可惜他再次错打了算盘。